Andrzej Nowakowski współpracę z pierwszą reprezentacją seniorek rozpoczął w 1992 roku jako asystent trenera Tadeusza Hucińskiego. W 1993 zdobywając 5. miejsce na Mistrzostwach Europy, awansował z drużyną do Mistrzostw Świata w Australii.
Od 1996 roku pracował z kadrą kobiet jako asystent Tomasza Herkta. Był współautorem złotego medalu Mistrzostw Europy w 1999 roku w Katowicach. Uczestnik Igrzysk Olimpijskich w Sydney w 2000 roku, gdzie Polki zajęły 8. miejsce. Jako asystent uczestniczył w mistrzostwach Europy we Francji (2001), Grecji (2003) oraz na Łotwie (2009).
W 2001 jako pierwszy trener kadry seniorek wygrał Igrzyska Frankofońskie w Kanadzie. Andrzej Nowakowski współpracował także jako konsultant i trener koordynator z kadrami młodzieżowymi Polskiego Związku Koszykówki.
Zarząd oraz pracownicy biura Polskiego Związku Koszykówki składają najszczersze kondolencje rodzinie oraz najbliższym zmarłego.